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這個制度一直持續到明成祖永樂時期，未有太大的變化，但是在永樂以後，制度終於出現了漏洞。明朝中期自正德始，皇帝開始寵信太監，而且貪心日起，於是，利用太監直接管理皇莊的潛藏制度就出現了。太監專權後，兼併土地成為首要目標，明武宗正德年間，太監直接強佔的土地竟多達五萬多頃，而其他的皇親國戚也效仿之，兼併土地蔚然成風，到後來，全國一半土地都在皇親國戚手中，朱元璋苦心建立的&ldo;計丁授畝&rdo;制度被破壞殆盡。

這些現象到萬曆一代更為嚴重。不過，明朝比較幸運，在萬曆臨朝之際，大學生張居正組閣成為總理大臣。張居正對土地問題非常敏感，也有清醒的認識。他上臺後改革戶籍制度，推行&ldo;一條鞭法&rdo;，對抑制土地兼併，增加國家稅收，起到了很積極的作用。

張居正在黃冊和魚鱗冊都失去效果的時候推行了更簡化的&ldo;一條鞭法&rdo;。黃冊與魚鱗冊早在宋元時代就有，到明朝，由太祖朱元璋親自建立完善，這兩冊意義，不單代表冊籍的本身，而且與賦役制度緊密聯絡，黃冊更是一切賦役的根源。

黃冊與黃冊制度是明代比較通行的登記戶口制度，有點像現在的戶口本。黃冊以戶為單位，每十年更新一次。黃冊主要是為了登記人口而用，但也規定人與土地之間的佔有關係。比如黃冊上的人與所佔地都是對應的，比如某人有田百畝，那麼黃冊上就對應著有百畝，如果他賣去二十畝，那麼就應當再造新冊，寫上：舊管百畝，今賣二十畝，新管八十畝。黃冊與甲裡制度相配合使用，《明史&iddot;楊思義附範敏傳記》說：&ldo;十三年，試尚書……帝以徭役不均，命編造黃冊，敏議百一十戶為裡，丁多者十人為裡長，鳩一里之事，以供歲役，十年一週，餘百戶為甲，後仍其制不廢。&rdo;如上所述，甲裡制度的以一百一十戶為為單位，形成一里，這是清查戶口的手段，黃冊則是編制，詳細記錄每戶籍貫、丁口、姓名、年齡、田宅、資產。政府則掌握黃冊登記的每戶人丁和田宅資產。黃冊與甲裡制度出現以後，基本上掌握全國的戶口和耕地，賦役徵收管理制度更趨完善。

魚鱗圖冊源自南宋時代的經界法，魚鱗圖冊其實就是田地之圖，它把田地分割槽分段，繪畫區內的田形，丈尺田界，記錄田地種類和肥瘦，買賣情況及田主姓名，再編列字號，訂成一冊。魚鱗圖冊的得名是因為內裡繪製的田畝，狀似魚鱗。明實錄說：以圖所繪，狀若魚鱗然，故號曰魚鱗圖冊。與黃冊相比，魚鱗圖冊詳細記載的田產的情況，比如田地的好壞、產權爭執的依據，並隨時登記變動情形，以此作為定賦役的標準。

黃冊與魚鱗冊配合使用，嚴明的規定了土地的所有權，基本上解決了土地與佔有者、賦稅之間的關係，可有效控制兼併的，但是到了萬曆年間，因為土地兼併嚴重，黃冊上的數字已經並不準確，這個制度被破壞了。對此，國學家錢穆分析的很清楚，他說：&ldo;如有一豪家置田萬頃，他的田畝侵佔別人的太多了，便會有人想法變亂黃冊，把新收的挪為舊管的，來遷就此種兼併之惡風。又黃冊規定每一百十戶為一里，推擇其中丁糧多者十戶為長，餘百百戶分十甲，一甲分十戶。歲役裡長一人，甲首一人，董理此一里一甲之事。主要替政府主管催徵，但兼併之風既盛，大戶千畝也是一里長，小戶三十畝也是一里長，則小戶非傾家蕩產不可。&rdo;（錢穆《中國政治得失》）

黃冊被破壞，魚鱗冊同樣不能真實的反映土地的情況，業主名字既然可以更改，則無法與真實的土地所有情況對應。兩冊破壞後，地主豪強兼併土地沒有法理上的約束，兼併之風就愈加嚴重。於是萬曆年間張居正推行&ldo;一條鞭法&rdo;來解決這個