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然而，皇權對於教權的控制，導致了真假信徒難分，政論與教義難辨的混亂現象，阻礙了基督教本身的正常發展，出現了主要以東方的正教與西方的公教為代表的，也就是通常所說的東正教與天主教的教會分裂。同時，這一教會的分裂更是羅馬帝國政治分裂的直接後果：公元359年，羅馬皇帝狄奧多西將帝國分給兩個兒子，東羅馬帝國以君士坦丁堡為首都，西羅馬帝國以羅馬為首都，因而羅馬教會認為自己是使徒之首的彼得所創，加上羅馬本為帝國首都，理應居於普世教會之首，羅馬教會主教應以教皇的身份來統領所有的教會；而君士坦丁堡教會則隨著東羅馬帝國的出現，及君士坦丁堡由東都變為首都，也提出君士坦丁堡教會大主教應以普世牧首的身份來統領所有的教會。

除了教皇與普世牧首的長期之爭甚至鬧出互相開除教籍的笑話以外，兩者在教義上的主要爭端就是所謂的&ot;和子句糾紛&ot;：究竟聖靈是&ot;從父出來&ot;呢，還是聖靈&ot;從父和子出來&ot;。東西兩方教會互不相讓，同樣也上演了一出出無聊的鬧劇，直到最後發生徹底的決裂。公元1050年，羅馬教會教皇通告立即廢止義大利南部的拉丁教會所使用的希臘禮儀，與此同時，君士坦丁堡教會普世牧首卻命令君士坦丁堡的拉丁教會一律使用希臘禮儀，於是，1054年，東西雙方教會又一次發生了互相開除教籍的可笑事件，從而最後正式分裂成為正教與公教，也就是東正教與天主教。

東正教後來成為拜佔廷帝國的國教，以及許多東方民族國家的國教。天主教隨著西羅馬帝國在公元476年的滅亡，在解除了國教化的約束之後，開始走上國家化的道路，到公元6世紀末，教皇已經集羅馬教會主教與羅馬行政長官於一身，形成了政教合一的權力格局，並且在不斷擴大教皇國的領地的同時，還透過為各國皇帝加冕的方式來體現君權神授的教權，使教權凌駕於皇權之上。由此，羅馬教會逐漸地向著神權國家演變。

這種教會國家化的趨向，以其世俗化的鮮明特徵不斷地脫離世界宗教的軌道，特別是，天主教透過大量出售贖罪券的方式來搜刮財物，使眾多基督教教徒認為這是完全違背基督耶穌所傳達的上帝之道的，因為每一個信徒的得救，乃是&ot;本乎恩，也因著信&ot;，並不需要透過天主教的神甫做為中介，就可以進行自我的懺悔，因而他們提出必須進行宗教改革，打破只有神甫才可以講解《聖經》的壟斷權，爭取每一個信徒都有直接從《聖經》之中領悟上帝之道的權力。面對宗教改革運動的興起，天主教開始進行反宗教改革的還擊：1545年，羅馬教皇決定必須懲罰異端，重申天主教的信條正確無誤，堅持教皇為教會的唯一元首。

被視為天主教異端的各國&ot;抗議者&ot;，最後形成了基督教新教，並使新教成為繼東正教與天主教之後的第三大基督教教派，根據在1555年明確提出的&ot;教隨國立&ot;的宗教原則，新教以基督教的國教化來反對國家化，以便在皇權的保護之下逐漸恢復教會的宗教本質，促使教義的闡釋能夠充分地體現出上帝之道。

宗教改革運動之中最先出現的抗議者路德指出：&ot;凡不以《聖經》為可靠啟示、為根據的說法都只能算為意見，而沒有相信的必要&ot;；&ot;教皇與主教都不是基督的代表，也永遠不能代表基督&ot;；&ot;在平民信徒和神甫、貴族和主教，以及屬靈的和屬世的之間，確無差別&ot;；&ot;我們凡為基督徒的就都是祭司，都是君王&ot;，總而言之，&ot;大家都生活在唯一領袖基督之下&ot;。

基督教如何才能回到世界宗教的本位上來，並不是一個純屬宗教的間題，緊接著第一次宗教改革運動以後所出現的第二次宗教改革運動，