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這三大案的產生是歷史遺留問題，根源在於神宗時期對皇位繼承問題的曖昧不清和偏私情結，但真正卷進去的卻是整個文官集團。在三大案中，文官集團繞著國本問題，後宮問題，皇權歸屬問題，與皇室中的各種勢力進行針鋒相對的鬥爭，爭論激烈，鬥爭殘酷，因東林黨出力較大，成為黨爭中最大的派系。東林黨人雖以清流自居，但在行事上仍然走黨同伐異的路子，由此也為黨爭埋下了伏筆。這三大案之後，文官集團與後宮集團形成了明顯對立的格局，朝政內部圍繞國本問題歷經數年，始終鬥爭激烈。

從明朝建朝起，朱元璋就唯恐臣子結黨，後來殺功臣藍玉、宰相胡惟庸都是借結黨為由下的手，但他不曾料到，在他死後，黨爭依然是明朝政治最大的特色。到明朝晚期，營私結黨已經成了一種官場潛規則，明朝的政治不是清明政治而是唯親政治。黨爭的最直接後果，破壞了文臣內部正常執行的環境，甚至破壞了表面上的和諧。但這還不是最嚴重的，最嚴重的是，黨爭削弱了文官集團的核心控制能力，而讓皇權真正的落入到了另外一種政治勢力的控制下。文官集團與後宮集團的矛盾空前激化，給太監‐‐這種後宮的特定的人群提供了一個更大的操縱一切變局的空間，因為真正親近皇帝的人，不是鐵骨錚錚的清流，而是他們。

後來魏忠賢當政後，三大案的翻案之風抬頭，本來在這次國本之爭中一直如同行屍走肉般的天啟帝此時已經由少年變成青年，突然間也&ldo;醒悟&rdo;，借三大案打擊自己討厭的文官勢力。黨爭之戰，再次掀起高潮。

天啟對曾經維護了他利益的文官集團突然翻臉也是有原因的，即出於對政治的無興趣，更是出自於一個未經風雨的少年對複雜世事的本能的厭惡，及對黨爭之中亂鬨鬨的局面有意識的迴避。天啟信任魏忠賢，在某種程度是出於文官集團的深深厭煩。（這種厭惡與迴避其實在崇禎身上也有，後面我們會提到。其實神宗也是如此，他後期如此的厭煩張居正，其實是厭煩整個文官集團，以至於最後竟然幾十年不上朝。他們爺孫幾人，儘管性格迥異，但在這一點竟然驚人地相似，這不能不體現出明朝政治中極為令人不安的隱患）在這種情況下，他轉向後宮深處，做木匠活去了。天啟不貪財，不好色，不戀權，比萬曆還要低調，但這對於一個最高政治決策者來說，絕非好事，由此，大權旁落於司禮太監魏忠賢之手。在這時，黨爭的陣營出現了變化，幾乎完全呈二元對立的狀態‐‐即，親魏勢力與反魏勢力。這兩大陣營的鬥爭成為明朝政治與社會矛盾中最主要的內容，內部的腐爛愈加深重。這種腐爛也直接影響到了社會生活的各各層面，甚至影響到了邊關。所有的軍事將領都捲入了新一輪的爭鬥中，親魏的將領步步高昇，不親魏的將領屢遭構陷，被構陷的人當中也包括當時最有能力的將領熊廷弼、孫承宗，後金勢力乘虛而入，邊關的潰敗之勢已經無可阻擋了。

崇禎上臺後，除掉了大權在握的權奸，但是，這些歷史留下的巨債，一個也沒有因此卸掉。而這些債務形成了一個龐大的債務鏈，直接導致整個國家的執行出現了前所未有的困境。這些困境集中體現在以下的問題中：一是土地被大量兼併，財富過度集中，由此派生出流民問題，這是他爺爺神宗留下的，二是連年徵戰，軍費耗盡，而因為多年黨爭，無人抓經濟，財政匱敗，由此派生的軍隊長年欠餉問題，這是他哥哥熹宗留下來的。於是戰事越來越緊，遼東前線的敵人越來越難消滅。三是，天災不斷，人民流離失所，由此派生的是民力衰竭，資源匱盡問題。這是他上朝以後新出現的問題。

這三個問題一直困擾著崇禎。當然，作為一個最高領袖，他當然要積極想辦法解決。但崇禎不久就出現了力不從心的感覺。這種感覺後來伴隨