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在政權建設方面，德川幕府採用的是&ldo;幕藩體制&rdo;。即中央政權是幕府，地方分為200多個半獨立的藩。幕府組織分為統治全國的中央機構和負責幕府直轄領地的地方機構。中央機構在將軍之下設大老、老中、若年寄三個職務，其中大老是非常設最高官職，老中是負責日常行政的最高常設官員，若年寄輔助老中管理旗本、御家人等。同時，設定監察大名的大目付、監察一般武士的目付、管理寺院的寺社奉行、管理幕府直轄領地的勘定奉行以及大番頭、小姓組番頭、書院番頭等軍隊首領等官職。地方機構設有京都司代、町奉行以及奉行等職，其中京都司代負責與皇室、公卿貴族的交涉和監督，城代是管理重要城市的官員，町奉行是管理特殊城市的官員，奉行是管理指定城市的官員。另外還設有相當將軍秘書的&ldo;御用人&rdo;，其通常職能是傳達將軍命令給老中，但因這些人員多為將軍的親信或政治顧問，容易掌握大權。

幕府之所以能夠號令天下，其背景是強大的經濟和軍事實力。幕府擁有收穫量400萬石的直轄領地，另外還有300萬石的家臣旗本封地，共700萬石，約佔全國3000萬石總收穫量的四分之一，最大的加賀藩前田氏領地也僅有102萬石。同時，幕府壟斷金銀礦山開採和貨幣鑄造，並控制江戶、京都、大阪、長崎、堺等大城市的工商稅金。全國的軍事指揮權也由幕府將軍直接掌握，直轄將軍的常備軍稱為&ldo;家臣團&rdo;，成員為有封地並能晉見將軍的旗本以及僅領取俸祿（大米）且不能晉見將軍的御家人。旗本可構成八萬人規模的軍隊，御家人也有兩萬人左右。旗本組成大番、書院番及小姓組番等，御家人組成徒士組、鐵炮百人組等。旗本及御家人除平時擔任幕府的守衛工作外，還擔任幕府的中下級官員以及幕府直轄領地的代官等職。

幕府將直轄領地及家臣封地以外的土地封給200多個藩主（大名），這些大名按照與幕府的親疏關係分為三類，即親藩大名、譜代大名和外樣大名。親藩大名與德川家族具有血緣關係，其中有能夠繼承將軍職務的御三家（水戶、尾張、紀伊三藩）以及御三卿（田安、一橋、清水三藩）；譜代大名是&ldo;關原之戰&rdo;之前臣服德川家族的大名，外樣大名則是在其後臣服德川家族的大名。親藩大名和譜代大名大多配置在重要地區，前者給予較高的名譽，但沒有實權，後者領地雖然較少，但可以擔任重要幕府職務，而外樣大名雖然領地較大，但不僅被置於偏遠地區，周邊還有譜代大名對其進行監視，而且也不能參與幕政。為有效控制各藩，幕府在1615年頒布&ldo;一國一城令&rdo;，即一個藩只能修建一座城堡，供大名居住和處理政務；1635年幕府頒布《武家諸法度》，其中規定大名負有&ldo;參覲交代制&rdo;的義務，即在江戶及領地間輪流居一年，同時各大名還要負擔幕府的軍役和重大工程。另一方面，諸藩大名在自己領地內具有相對獨立的統治權，設定藩機構和官職，武士組成家臣團。這種雙重統治結構史稱&ldo;幕藩體制&rdo;。

年，德川家康擁立後水尾天皇，表示幕府擁有幹預皇室的權利。1613年，幕府頒布《公家眾法度》，規定天皇及朝廷貴族以學問為第一要事。1615年幕府再次頒布《禁中並公家諸法度》，進一步限制天皇及公卿貴族的權力，例如規定武家官位須由幕府任命，防止大名與朝廷勾結。朝廷與幕府之間專設聯絡機構，並禁止天皇出訪，朝廷的領地也只有10萬石。1620年，第二代將軍秀忠將其女嫁給天皇。1627年幕府藉口大德寺、妙心寺違犯法規，處分其主持，並剝奪天皇賜給的象徵最高榮譽的紫衣。1629年秀忠立其外孫女為明正天皇，成為時隔奈良時代稱德天皇859年的又一名女天皇