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1917年1月4日，蔡元培到北大任校長，接替胡仁源。1月11日，蔡元培起草致教育部函：&ldo;請派陳獨秀為北京大學文科學長&rdo;，並附了陳獨秀履歷表。隔日，教育部以函字13號送達北京大學：&ldo;貴校函開安徽高等學校校長陳獨秀品學兼優堪勝文科學長之任……當經本部核准在案，除令行外，相就函復。&rdo;

1月13日，北大校園裡一群人在圍看蔡校長任職後的第三張告示：&ldo;本校文科學長夏錫祺已辭職，茲奉部令派陳獨秀為本校文科學長。&rdo;校園裡一時議論紛紛，贊同與貶斥沸沸揚揚。反對陳獨秀任文科學長的是桐城派的古文家以及章太炎一派弟子黃侃、馬裕藻等人。陳獨秀鼓吹打倒孔家店，主張白話文運動，桐城派的古文家視之為同鄉中的叛逆。黃侃等人主張晉宋文風，但其音韻考據之學，同樣因襲古人，同屬《新青年》掃蕩範圍。他們認為陳獨秀只會寫一些筆記性文章，不配在高等學府任教授，不能勝任文科學長一職。黃侃、馬裕藻等人不願在陳獨秀任下執教，除了陳君激進外，還有對前任夏錫祺的感情因素。黃侃不容陳獨秀，還有一個陳年老帳。黃侃即當年陳獨秀在日本《民報》館無意中得罪的湖北人黃季剛。

支援陳獨秀的教授主要是沈尹默及安徽籍的同鄉。他們提出安徽自戴震(戴東原)之後，安徽人士研究文字學已成傳統，在這些人士中，陳獨秀對訓詁研究造詣甚高，寫過《字義類列》。於是蔡元培說：&ldo;陳獨秀先生精通訓詁音韻，有著作，能勝任文科學長一職。&rdo;

風波平息下去後，陳獨秀攜高君曼及子美、喜子住北京市箭桿衚衕9號(今20號)。

《新青年》編輯部同時搬到北京。

尋找友軍

1917年1月底，陳獨秀忙著編《新青年》2卷6號。作為文學革命倡導者，在急先鋒胡適寫出《文學改良芻議》一文後，自己必須表明態度，樹起大旗。他寫《文學革命論》道：&ldo;餘甘冒全國學究之敵，高張&l;文學革命軍&r;大旗，以為吾友之聲援。旗上大書特書吾革命軍三大主義，曰，推翻雕琢的阿諛的貴族文學，建設平易的抒情的國民文學；曰，推倒陳腐的鋪張的古典文學，建設新鮮的立誠的寫實文學；曰，推倒迂晦的艱澀的山林文學，建設明的通俗的社會文學。&rdo;結尾，他宣稱&ldo;予願拖四十二生的大炮，為之前驅!&rdo;

4月9日早上，在紐約正殺青博士論文的胡適收到了《新青年》2卷6號。他發現陳獨秀在該期發表了響應自己的文章，支援文學革命，特別快活，回信表示&ldo;均極贊同&rdo;。胡適對錢玄同的通訊很感興趣，只是覺得這位未見面的大教授火氣太盛。

不久，在湖南長沙師範學校讀書的毛澤東看到《新青年》3卷2號登出了他寫的《體育之研究》（署名&ldo;二十八劃生&rdo;），不禁喜出望外。該文是請去北大任教的楊昌濟先生轉給陳獨秀的。傍晚，毛澤東、張昆弟在湘江游泳後到蔡和森家坐。

毛澤東感慨道：&ldo;前之譚嗣同，今之陳獨秀，其人者魄力雄大，誠非今日俗說所可比擬。&rdo;以前，毛澤東喜歡讀康有為和梁啟超的文章，現在他喜歡讀陳獨秀和胡適的文章。

季春一日，古典音韻學教授錢玄同來陳獨秀家坐。陳獨秀拿出剛收到的胡適信給他看，錢玄同說：&ldo;胡先生駁林琴南，我很贊成，劃分文學時期，以宋元為一時期，我卻不敢苟合。&rdo;&ldo;我主張建安為古代期，建安到唐為中古期，唐宋為近代期。&rdo;陳獨秀認為中國的文學一變於魏，二變於唐。&ldo;唐宋放在一起，比宋元放在一起似更有理。&