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公元6世紀，對西羅馬來說是一個黑暗的時代，但希臘勢力卻迎來了他們的復興。查士丁尼一世（527－565年在位）是一位野心勃勃、才能超群的統治者，他娶了曾當過演員，能力與其相當的提奧多拉為皇后。查士丁尼從汪達爾人手中重新奪回北非，並從哥特人手中奪回義大利的大部。他甚至恢復了對西班牙南部的統治。他並不是隻關心海軍和陸軍事業，他還創立了大學，在君士坦丁堡建立了聖&iddot;索菲亞大教堂，並組織編撰了羅馬法典。但是，為了除去自己大學的競爭對手，他竟然下令關閉了雅典的哲學院，這些哲學院成立於柏拉圖時代，據說已經存在近一千年。

從公元3世紀開始，波斯王國就一直是拜占庭帝國的強勁對手。這兩個國家使得小亞細亞、敘利亞、埃及長期處於不安和疲憊之中。公元1世紀，這些地區還是文明水平較高、生活富足、人口眾多的地區，但是不斷的戰亂、屠殺、搶掠和戰爭消耗等使他們逐步衰退，只剩下衰敗、荒涼的城市和農民分散的農村。在這個貧困、混亂的痛苦過程中，似乎只有南部埃及比世界其他地方要好一點。亞歷山大和君士坦丁堡一樣，仍在儘量保持著東西方的貿易（儘管是在不斷減少的）。

在這兩個戰亂和衰落的王國裡，科學和政治哲學似乎已經死亡。雅典最後的哲學家們在他們被鎮壓前，懷著無限崇敬的心理和求知的慾望儲存著過去偉大文明的文獻。但是，在這個世界上再沒有一個階級、再也找不到一個能夠勇敢地進行獨立思考的人，能將在那些文獻中直接表述的和內部隱含的傳統繼續保持下去。社會和政治的混亂是導致這一階級消失的主要原因，但還有其他原因導致了這個時代的人們知識匱乏。無論在波斯還是拜占庭都進入了一個排除異己的時代。這兩個國家都成為新型的宗教國家，壓制著人類思想的自由活動。

當然，世界上最古老的帝國幾乎都是以崇拜神或像神一樣的帝王為中心的宗教帝國。亞歷山大被國人看作是神，凱撒家族的皇帝們也像上帝一樣被供奉在祭壇和寺廟裡，向他們進香已經成為檢驗對羅馬帝國忠誠的標準。但是這些古老的宗教本質上只是行動和事實上的宗教，它們並不干涉人們的思想。如果一個人向神獻祭、行禮，那麼不管他怎麼想、怎麼說，都無關緊要。但是這些出現在世界上的新型的宗教，尤其是基督教，卻干涉到人們的內心。這些新的宗教不僅要求表面的形式，更要求對信仰的理解。於是，很自然的，關於信仰的真正意義的狂熱辯論出現了。這些新宗教是信仰上的宗教，於是，世界上出現了一個新名詞‐‐&ldo;正教&rdo;。正教用教條嚴格規定了人的行為、言語，甚至人的思想。這樣，如果有人觀點錯誤，而且把他的錯誤思想傳播給其他人，那麼就不只是簡單的知識上的欠缺，而可能被譴責為使靈魂永遠墮落的道德上的罪過。

無論是在公元3世紀建立薩桑王朝的阿爾達西一世，還是在公元4世紀重建羅馬的君士坦丁大帝，都曾尋求過宗教組織的幫助，因為在這些組織中他們發現了利用和控制人們意志的新手段。所以，早在4世紀末之前，這兩個國家就開始破壞自由言論和宗教改革。在波斯，阿爾達西發現了古老的波斯宗教‐‐火祆教，這個宗教有牧師、寺廟和在祭壇上點燃聖火的儀式，他對它一見傾心，馬上把它定為國教。公元3世紀末以前，火祆教開始迫害基督教。公元277年，一種新的信仰‐‐摩尼教的創始人摩尼被釘死在十字架上，屍體還被剝皮。另外，君士坦丁堡也在忙於驅趕基督徒。由於摩尼教的思想擾亂了基督教，後者必須以最猛烈的方式回擊；反過來說，基督教的思想也玷汙了火祆教教義的純潔性。就這樣，所有的思想都成為可疑的。科學最首先需要的就是寬容心，在這個