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除了《四庫全書》外，在《四庫全書存目》裡也收錄了其他一些西方著作。比較而言，前者所收多為科學性質的書籍，如天文地理，數學測量等，後者則主要是宗教性書籍，如《七克》講天主教的七宗原罪，《天主實義》、《二十五言》、《辨學遺牘》、《畸人十篇》、《靈言蠡勺》、《空際格致》、《寰有銓》等，均是宗教理論及神學方面的圖書，明顯地看出，清朝官方的態度是肯定西方的科學，反對西方的宗教。

《四庫全書》編纂時期，正是清廷禁教之時，對天主教書籍以存目方式介紹的同時，也進行了嚴厲的批駁。《四庫全書總目》批駁利瑪竇《辨學遺牘》說：“利瑪竇力排釋氏，故學佛者起而相爭，利瑪竇又反唇相詰，各持一悠謬荒唐之說，以校勝負於不可究詰之地。不知佛教可闢，非天主教所可闢；天主教可闢，又非佛教所可闢，均所謂同浴而譏裸裎耳。”（37）又批駁《二十五言》說：“西洋人之入中國，自利瑪竇始，西洋教法傳中國，亦自此二十五條始，大旨多剽竊釋氏，而文詞尤拙。蓋西方之教，唯有佛書，歐邏巴人取其意而變幻之，猶未能甚離其本。厥後既入中國，習見儒書，則因緣假借以文其說，乃漸至蔓延支離，不可究結，自以為超出三教上矣。附存其目，庶可知彼教之初，所見不過如是也。”（38）對李之藻編《天學初函》評論道：“西學所長在於測算，其短則在於崇奉天主以炫感人心。所謂自天地之大以至蠕動之細，無一非天主所手造，悠謬姑不深辨，即欲人舍其父母而以天主為至親，後其君長而以傳天主之教者執國命，悖亂綱常，莫斯為甚，豈可行於中國者哉！”（39）甚至在對自然界的認識上，均不認同西學，四庫總目評《空際格致》雲：“西法以火氣水土為四大元行，而以中國五行兼用金木為非。……欲以強詞奪之，烏可得乎？適成其妄而已矣。”（40）清廷在社會上禁止基督教的傳播，在學術上對其教義、道理也作出多方面的批評，同時，對傳教士傳入的科學知識也越發採取批駁和牴觸的態度。

清朝雖然否定西學根本上的合理性，但認為西方某些科學知識卻甚為可取，尤其是對有利於國計民生的實用性科學多加以肯定。四庫總目評利瑪竇《乾坤體義》雲：“是書上卷皆言天象，以人居寒暖為五帶，與周髀七衡說略同。以七政恆星天為九重，與楚辭天問同。以水火土氣為四大元行，則與佛經同。至以日、月、地影三者定薄蝕，以七曜地體為比例倍數，日月星出入有映蒙，則皆前人所未發。其多方罕譬，亦復委曲詳明。下卷皆言算術，以邊線、面積、平圓、橢圓互相容較，亦足以補古方田少廣之所未及。雖篇帙無多，而其言皆驗諸實測，其法皆具得變通，可謂詞簡而義賅者。”（41）在器械科學上，清廷亦十分推崇西洋之器，四庫總目評王徵《奇器圖說》雲：“制器之巧，實為甲於古今，寸有所長，自宜節取，且書中所載，皆裨益民生之具，其法至便，而其用至溥，錄而存之，固未嘗不可備一家之學也。”（42）至於熊三拔撰寫的水車製作程式，若“推而廣之，足以利民生也”。（43）在地理書類，清廷認為艾儒略《職方外紀》一書頗有價值，有助於人們認識世界地理狀況，書中言及五大洲各國之風土、民情、氣候、名勝等，頗有興味，並載有發現美洲之事。書前後附有萬國輿圖，北輿地圖，南輿地圖，足以糾正中國古人天圓地方之許多謬見。儘管四庫總目認為它“所述多奇異不可究詰，似不免多所誇飾”，但仍存之以廣其聞：“所紀皆絕域風土，為自古輿圖所不載。……前冠以萬國全圖，後附以四海總說”，“天地之大，何所不有，錄而存之，亦足以廣異聞也”。（44）

餘嘉錫《四庫全書總目》稱其“別白是非，旁通曲證，使瑕瑜不掩，淄澠以別，持比