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第二個區域是娛樂與休息區，主要是休息和娛樂的場所，為的是在漫長的飛行過程中可以很好的休息並得到放鬆。其位置位於飛船的中後上部，與駕駛室基本上相連，為的是方便休息和逃生等行為，畢竟飛船緊急逃生艙就是駕駛艙;

第三個區域是動力區，主要由飛船重力反覆裝置和中央動力源構成，重力反覆裝置基本上呈環狀分佈在飛船四周，從側面看去其位置就相當於飛船的腰帶，而中央動力源則是飛船所有主動力來源，其是經過層次變換強化後的小型核反應堆，由於核反應堆的強輻射性，之所以在地球上需要建築的那麼厚重根本研究就是致命的輻射問題，但是層次變換強化後的光阻尼材料可以很好的阻止高能粒子(如質子、中子等)的散射問題並將其轉化為飛船重力反覆裝置和各種設施等等所需能量，為了防止遭受打擊破壞，中央動力源被植入了飛船的正中心。除了中央主動力源之外，在飛船倉儲區還設有副動力源以防止中央動力源發生故障的時候可以使用;

第四個區域是武器系統，本來依趙一飛的意見是根本不需要這一系統的，但是中央軍委還是慎重的建議在&ldo;后羿號&rdo;上安裝了基本武器系統，為的是防止在太空中發生什麼意外，畢竟面對宇宙的人類現在還只相當於一個剛剛顫顫巍巍能夠走路的小孩子，任何一個不小心都可能會摔倒，而作為遠端航天先驅的趙一飛更是需要重中之重的保護，如果不是趙一飛堅持要親自體驗這次跨出太陽系的飛行，中央軍委是絕對不會同意趙一飛參加這次試航行動的，在雙方的妥協下，防衛性武器系統自然就需要安裝了。&ldo;后羿號&rdo;的武器系統主要由兩類構成，一類是雷射武器系統，另一類則是常規飛彈武器系統。前者是武器系統的主要構成，而後者則是為了防止雷射武器系統發生意外的情況下仍然可以具有一定的防禦能力，更何況兩種武器的效能不同，前者主要以光熱轉換為主要攻擊方式，後者主要是透過物理性損傷進行破壞，在某些不明情況下，難保後者不具有更好的效果。&ldo;后羿號&rdo;上共安裝了5支雷射炮，為前三後二的分佈，另外在飛船底部在安裝了4枚中程核飛彈，當然是採用的伸縮裝置，在平時其縮在飛船腹內，需要的時候透過開啟底艙蓋的方式放出。雷射炮同樣使用了縮入的方式，需要的時候只要開啟外面的艙瓦，雷射炮就可以伸出飛船進行攻擊，之所以採用這種伸縮式設計為的是防止高速飛行產生的巨大牽引力會在物理上破壞雷射炮而無法使用。

第五個區域是科學試驗區。主要是進行各項實驗用的，由於&ldo;后羿號&rdo;本身就是作為科學考察船設計的，所以科學實驗自然是其中的主要內容，這次飛行就需要進行很多項試驗，包括諸如高速飛行對人體生理與心理的影響、高速飛行對動植物種子發育與生長的研究、太陽系半徑測量等等內容，當然，&ldo;后羿號&rdo;的試航本身也屬於試驗的一項，為的是檢驗后羿號的設計中是否有著隱藏的缺陷等等，並為後續的太空遠端飛行積累基本飛行引數與資料等等。科學試驗區主要位於后羿號中後部的下方。

最後一個主要區域就是倉儲區，這一區域位於飛船的中前部的下方，裡面主要載有幾個重複性登陸艙和登陸車等各項裝備，為的是能夠對太陽系的主要行星從外向內依次進行考察時使用，此外還預留有很大的空間是用於各種採集樣本或標本儲存，另外一些生活消耗品存貨也在這一區域。由於&ldo;后羿號&rdo;只有不到一百米長，所以其內部自然不可能存放大量的一次性登陸設施，這樣就對裝置的重複性使用提出了要求，這次遠航的目的也是為了檢驗這些設計的重複性登陸設施能夠有效，如果效果不理想還需要進一步的改進，畢竟人類對於其他星球的瞭解還非常少，沒有實踐檢驗