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在穩定全國統治的基礎上，地方機構也陸續健全。除在各國設守護外，還專門在鎌倉設&ldo;鎌倉府&rdo;，其長官&ldo;鎌倉公方&rdo;由第二代將軍足利義詮之弟足利基氏及其子孫世襲，管轄關東10國。輔助鎌倉公方的管領稱&ldo;關東管領&rdo;，由上杉家族世襲。鎌倉府下設機構與幕府機構相同，有政所、侍所、問注所、評定眾等，俗稱&ldo;第二幕府&rdo;。另外，幕府分別在九州、東北東部、東北西部設九州探題、奧州探題和出羽探題，統轄那裡的軍事與民政。無論是守護，還是探題，均由足利家族成員或將軍的親信擔任。近畿地區及其附近的守護大多在京都幕府機構任職，因而多由&ldo;守護代&rdo;對其國進行治理。

室町幕府的財政結構特徵是取自流通領域的稅收比例增加，反映了貨幣經濟發展的狀況。將軍的直轄地稱為&ldo;御料所&rdo;，大多為足利家族的舊領地以及南北朝動亂時期得到的領地，但規模不大，分散在全國各地，大約有200所。直轄地大多由奉公眾管理，上繳部分稅收給&ldo;政所&rdo;；除守護以各種名目徵收的賦稅外，建造宮殿或者皇位繼承時徵收臨時貨幣賦稅，如按&ldo;段&rdo;徵收的土地稅‐‐&ldo;段錢&rdo;，按&ldo;間&rdo;徵收的房屋稅，稱&ldo;棟別錢&rdo;；另外還有對倉庫業者和金融業者徵收的&ldo;（土）倉役&rdo;，對酒店、高利貸者徵收&ldo;酒屋役&rdo;，在通往京都的主要道路設&ldo;關所&rdo;，徵收&ldo;關錢&rdo;，徵收的港口使用費稱為&ldo;津料&rdo;，對明貿易徵收一成的稅，稱為&ldo;抽分錢&rdo;。

因鎌倉末期與南北朝時期的社會混亂，西南沿海地區許多生活沒有著落的武士和農民組成武裝集團，侵擾中國大陸和朝鮮半島，掠奪財富，轉賣人口，這些海盜史稱&ldo;倭寇&rdo;。1368年中國大陸明朝成立，因邦交和倭寇問題派使節赴日交涉，但當時正值南北朝時期，地處九州的南朝地方政權態度較為消極。南北朝統一後的1401年，足利義滿派使節赴明朝，約定以屬國的名義進行朝貢貿易。1406年雙方簽定協議，規定&ldo;十年一貢，人止二百，船止兩艘，不得攜軍器，違者以寇論&rdo;。當年明成祖派使赴日，帶去永樂年號的勘合一百道，並賜足利義滿&ldo;日本國王&rdo;金印一枚。1408年義滿去世後，義持反對嚮明稱臣，中斷貿易。1248年足利義教任將軍後，迫於財政上的困難，透過琉球國王的斡旋，再開勘合貿易。1404年到1547年，共派遣17次貿易船，因在中國大陸的逗留費、搬運費均由明朝承擔，因而日本獲利甚大。日本嚮明朝出口銅、硫磺、刀劍等，進口生絲、銅錢以及瓷器等。16世紀中期以後，日本國內戰事頻繁，勘合貿易終止。

年，朝鮮半島成立李氏王朝，並派使節到日本要求禁止倭寇，恢復邦交。1404年兩國恢復了終止600多年的邦交，朝鮮開設三個港口允許日本商人從事兩國貿易。日本除向朝鮮出口銅、硫磺外，還有東南亞地區出產的胡椒、藥材、香木等商品，從朝鮮半島進口紡織品，其中棉製品為多。由此形成了以琉球為中心的東亞多角貿易圈，也就是東南亞、中國大陸、朝鮮半島、日本列島的商品多以琉球為中介不斷得到交換與流通。

在室町時代，農業呈現出多元化、集約化的趨勢，即在米、麥雙季作普及的基礎上，畿內地區出現了以及米、麥、蕎麥三季作以及早稻、中稻、晚稻，並因水車、農家肥、草木灰的普及使用，單位產量也有較大提高。與此同時，在近畿地區，桑、麻、茶等經濟作物普